Предназначены для преобразования одних ресурсов (избыточных) в другие (недостающие).
Всего существует три вида алхимических операций, которыми могут быть оснащены корабли-алхимики: Alchemy, Refinery, AdvancedRefіnery. Обычно корабль может выполнять только одну алхимическую операцию, однако в PHOST 4.x стало возможным совмещать в одном корабле сразу две функции: Alchemy+Refinery или Alchemy+AdvancedRefіnery. Если в корабле совмещены функции Refinery+AdvancedRefіnery корабль будет работать только в режиме AdvancedRefіnery.

Корабль с функцией Refinery может преобразовывать минералы плюс оборудование в нейтронное топливо (нейтрониум).
Hиже приводятся три алхимические реакции, используемые этим кораблем:

1 Дюраниум + 1 Модуль оборудования –> 1 Нейтрониум

1 Молибденум + 1 Модуль оборудования –> 1 Нейтрониум

1 Тританиум + 1 Модуль оборудования –> 1 Нейтрониум

На корабле автоматически выполняется функция синтеза, если выполняются все три ниже приведенных условия: 1) Hа борту корабля есть по меньшей мере одна Кт дюраниума, или молибденума, или тританиума. 2) Hа борту корабля есть по меньшей мере одна Кт оборудования. 3) В топливных танках есть место по меньшей мере для одной Кт топлива.